CP2K是一款开源免费,可以进行量子化学计算和周期性体系计算的软件包。CP2K支持包括分子力学,半经验方法,HF,DFT和后HF在内的多种计算方法,功能较为全面和多样。老版本的CP2K安装较为麻烦,学习曲线较为陡峭,阻碍了其进一步推广。随着CP2K版本的更新,其安装逐渐简化,安装方式也逐渐多样化。本文尝试对CP2K的几种在线安装方法进行阐述,离线安装以后再介绍。
1.借助包管理器安装
对ubuntu,debian,deepin等debian系系统:
sudo apt-get install cp2k
对conda用户(需提前安装Anaconda或者Miniconda):
conda install -c conda-forge cp2k
2.直接下载安装
打开https://github.com/cp2k/cp2k/releases
根据自己的需要,下载之并上传到服务器。
chmod u+x cp2k-6.1-Linux-x86_64.sopt
赋予其运行权限,将文件所在目录加入环境变量即可运行。此时为串行版本。
3.编译安装
最新版 cp2k可以从官网下载,我们默认读者已经安装了git,或者在网页上选择Clone or download
下载ZIP
压缩包。
git clone --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k
本教程安装的是cp2k6.1。
3.1 下载cp2k源码包
打开https://github.com/cp2k/cp2k/releases
下载cp2k-6.1.tar.bz2
3.2 准备工作
3.2.1 确认python版本
由于本人安装环境系统为ubuntu 16.04,默认python版本为python2.7,可以直接使用。
对于新版的ubuntu,由于python命令默认进入的是python3,故需要将其改为python2,可通过安装Anaconda2配置Python2环境,具体过程本文不详细叙述。
3.2.2 在线安装必要的包
sudo apt-get install libxc1 libxc-dev libint-dev libint1 libelpa-dev libopenblas-base libopenblas-dev libfftw3-3 libfftw3-bin libfftw3-dev libfftw3-mpi3 openmpi-bin gcc gfortran g++
3.3 解压安装
解压 tar jxvf cp2k-6.1.tar.bz2
进入相应目录
cd cp2k-6.1
cd tools
cd toolchain
运行安装脚本帮助./install_cp2k_toolchain.sh --help
即可查看安装选项帮助。
其中-j
选项默认使用全部核心进行编译
--with-PKG
选项决定哪些库,--with-PKG=install
为下载安装对应库,--with-PKG=system
使用系统中的对应库。
简单安装可以使用./install_cp2k_toolchain.sh
对于intel cpu使用./install_cp2k_toolchain.sh -j --with-cmake=install --with-libsmm=install --with-libxsmm=install --with-elpa=install
这个过程很漫长,需要耐心等待。
假设用户为customer,执行
cp /home/customer/cp2k-6.1.0/tools/toolchain/install/arch/* /home/customer/cp2k-6.1.0/arch/
source /home/customer/cp2k-6.1.0/tools/toolchain/install/setup
cd /home/customer/cp2k-6.1.0/makefiles/
make -j 18 ARCH=local VERSION="sopt sdbg ssmp popt pdbg psmp"
再等待一段时间即安装完成。
cd /home/customer/cp2k-6.1.0/exe/local/
即可看见所编译出来的cp2k的不同版本。
至此,CP2K软件编译安装完成,赋予运行权限即可运行程序。
4.相关的cp2k资源:
https://zhuanlan.zhihu.com/cp2k-tutorial CP2K开发者写的中文教程
http://avogadro.cc/ 建模软件
http://cp2k-www.epcc.ed.ac.uk/cp2k-input-editor/#/ cp2k在线输入文件生成器
https://www.cp2k.org/tools 官方提供的相关工具
https://github.com/avishart/CP2K_Editor python编写的cp2k输入文件生成器
如果有建议和意见,可以通过发邮件到jszhao@njust.edu.cn联系作者。
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