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用Excel就能分析生物数据，真后悔没早点安装插件GenAlEx

baijin 2024-09-10 10:56:06 博客文章 6 ℃ 0 评论

GenAlex是一款应用于EXCEL的生物数据分析工具插件，运行后可以在Windows的excel中使用，功能强大又好上手。它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。GENALEX还提供了一系列基于频率的分析， 20多种不同的图表总结数据辅助检测。除此之外，序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式。


操作步骤

建立一个表格，第一行首先写上位点数，个体数，居群数，然后开始与第二行对应标上居群内个体数与居群名称，Codominant data - fragment size，第三行写上Sample,pop，基因名称。第四行开始第一列写上个体名称，第二列为居群名称，后面是等位基因长度。missing data用0表示。同一居群的要连续排下来。把GenALEx拖进表格中启用宏
在加载项中找到GenAlEx选择参数，一般按照默认可以按照样品排列数据，按照居群排列数据，按照居群把表格分为不同的sheet，列出工作表，列出数据表，列出结果表，排列工作表，检查数据按照居群分为不同的sheet效果图检查数据效果图选择计算频率填写居群信息，5个位点，10个样品，3个居群，每个居群个体数为4,3,3，两列的格式，点击OK
选择计算等位基因的频率，对所有居群作图，以及对所有基因作图
等位基因频率AFP对居群作图AGL对基因及居群作图AGF计算等位基因频率
计算等位基因频率AFL根据居群以及等位基因计算杂合度、交配系数以及多态性
这是根据居群计算得到的杂合度、交配系数以及多态性HFP这是根据等位基因计算得到的杂合度、交配系数以及多态性HFLnumber of samples(N)：样品数量the number of alleles (Na)：等位基因数量the effective number of alleles (Ne)：有效等位基因数the information index (I)：信息指数the observed heterozygosity (Ho)：观测杂合度the expected heterozygosity (He) ：期望杂合度unbiased expected heterozygosity (uHe)：无偏期望杂合度Fixation index (F)：固定指数Fis：群体内近交系数Fst：遗传分化系数Fit：总群体近交系数the number of effective migrants (Nm)：基因流可以对等位基因模式进行分析
对等位基因频率进行分析的结果AFP
对等位基因模式进行的分析结果APT等位基因列表ALI等位基因总结PAS
特有等位基因总结PAL可以计算群体间的遗传距离，无偏距离，FST等
这是计算的居群间的两两遗传距离的结果这是计算的居群间距离的结果这是一个总结这是居群间FST
这是FST计算结果
这是基因流的计算结果还可以进行哈温伯格平衡测试点击OK
全选，OK
这是哈温伯格平衡测试的图表结果这是哈温伯格平衡测试的总结Chi-Squared statistic：卡方检验degrees of freedom：自由度probability：可能性significance :显著性

以上就是GenAlEx的部分操作，下期继续分享GenAlEx的其他强大操作。如果文章对你有所帮助，请转发给你身边需要的人噢！


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